Guide CIR 2025 : un dispositif recentré et des procédures modernisées

Le nouveau guide du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) a été publié le 29 octobre 2025 par le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR). Comme chaque année, ce document de référence aide les entreprises à déterminer les travaux de recherche et développement éligibles, à calculer leurs dépenses et à renseigner leur déclaration CIR.

Bien qu’il ne se substitue pas aux textes législatifs et réglementaires, le guide du MESR influence directement la manière dont les entreprises documentent leurs travaux et les pratiques de contrôle menées par l’administration fiscale.

Les grandes évolutions du guide 2025

L’édition 2025 marque une évolution importante dans la structuration du dispositif. Elle combine :

• un recentrage du périmètre éligible ;
• une clarification des activités “indispensables” à la R&D ;
• une refonte de la trame justificative des dossiers ;
• et une dématérialisation complète de la procédure d’agrément via la plateforme CIROCO.

En résumé, le dispositif se modernise, mais il demande plus de rigueur documentaire et une justification scientifique plus claire des travaux déclarés.

Identifier les travaux réellement éligibles

L’une des principales nouveautés du guide 2025 concerne la définition des activités considérées comme “indispensables” à une opération de R&D. Le texte introduit quatre critères cumulatifs :

1. L’activité doit s’inscrire dans une opération de R&D éligible.
2. Elle doit avoir un lien direct avec l’objectif scientifique ou technique du projet.
3. Elle doit être réalisée par un personnel qualifié.
4. Elle doit produire un résultat inédit, non accessible par ailleurs.

Ces critères doivent être explicitement documentés dans les dossiers. Le guide illustre cette approche avec plusieurs exemples concrets (intelligence artificielle, biologie, sciences humaines) afin d’uniformiser l’interprétation entre les entreprises, les experts du MESR et les services fiscaux.

R&D informatique : des précisions bienvenues

Le domaine informatique reste un terrain complexe pour le CIR, à la frontière entre ingénierie, développement expérimental et innovation logicielle. Le guide 2025 précise désormais les quatre catégories d’opérations susceptibles d’être reconnues comme de la R&D :

• création ou amélioration d’un algorithme ou protocole ;
• formalisation d’une méthodologie originale ;
• application innovante d’un concept scientifique récent ;
• mise en place d’expérimentations ou prototypes documentés et mesurables.

Le guide insiste sur la documentation scientifique : chaque entreprise doit être en mesure de démontrer le verrou technique, la nouveauté, les résultats expérimentaux et la validation des hypothèses.

Loi de finances 2025 : des impacts directs sur le calcul du CIR

Les modifications apportées par la loi de finances 2025 ont des effets immédiats sur le calcul du crédit d’impôt :

• ❌ Fin du doublement “Jeune Docteur” : suppression du taux majoré ;
• 📉 Réduction du taux de frais de fonctionnement : 40 % (au lieu de 43 %) ;
• ❌ Exclusion des dépenses liées à la propriété intellectuelle : amortissements, frais de dépôt, de défense et de veille technologique ne sont plus pris en compte.

Ces évolutions s’appliquent à partir du 15 février 2025, impliquant deux régimes de calcul distincts sur l’année (avant et après cette date).

Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) est prolongé jusqu’en 2027, mais son taux est abaissé à 20 %. Les statuts JEI et JEC deviennent également plus exigeants, avec une part minimale de dépenses de R&D portée à 20 % des charges pour les exercices clos après le 1er mars 2025.

Agréments et dématérialisation via CIROCO

Le dépôt des demandes d’agrément se fait désormais exclusivement sur la plateforme CIROCO, qui devient le portail unique pour les dispositifs CIR, CII, CICo et CI THC.

• Les dossiers sont saisis directement en ligne ;
• Le nombre de caractères est limité ;
• Il n’est plus possible d’ajouter des annexes libres.

Cette nouvelle structure vise à standardiser la présentation des dossiers tout en favorisant la synthèse et la clarté des argumentaires techniques.

Une trame justificative repensée

Le format du dossier technique évolue pour la première fois depuis 2018 :

• une synthèse d’une page par opération de R&D ;
• une trame structurée en quatre sections (contexte, verrous, travaux, résultats) ;
• des rubriques complémentaires sur les ressources humaines et les travaux externalisés ;
• une limite de 10 pages par opération.

Cette nouvelle approche impose une rédaction plus structurée et plus scientifique, centrée sur la démonstration de la démarche expérimentale.

En résumé

Le Guide CIR 2025 marque une étape importante de clarification et de modernisation. Les entreprises devront renforcer la documentation scientifique de leurs travaux et adapter leur méthodologie de justification pour répondre à ces nouvelles exigences.

Ces changements visent une meilleure cohérence entre doctrine et contrôle, mais demandent aussi plus d’anticipation et d’organisation interne.

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